商科元是浙江嵊州石璜镇人，1995年出生，9岁时被输送到绍兴市体校训练，4年后送入省队，当时他的100米自由泳成绩已经在1分钟以内。被送入省队后，商科元得到了著名教练同时也是孙杨的教练朱志根的指导，经过3年的训练，成绩突飞猛进。

    2016年钜派杯全国游泳冠军赛暨里约奥运选拔赛男子200米自由泳决赛，商科元以1分47秒94获得亚军。男子4*200米自由泳接力，由汪顺、商科元、李昀琦和邱子傲出战的国家队，以7分13秒19的成绩夺冠。

    2016年7月18日，2016年里约热内卢奥运会中国奥运代表团成立，商科元名列出征游泳队运动员名单。